El ADN de las células de eucariontes se encuentra enrollado en estructuras denominadas nucleosomas, que se conforman de ocho unidades de histonas, la clase más abundante de proteínas relacionadas con la forma de los cromosomas y la expresión genómica (Watson, 2016). Las modificaciones postraduccionales de las histonas en sus colas aminoterminales y sus efectos biológicos se han descrito como un código de histonas independiente del código genético. Barbieri ha utilizado la expresión «código orgánico» para describir códigos biológicos. Lo que se ha comprobado es que las marcas producidas en las histonas por procesos como la acetilación y la metilación actúan como signos orgánicos que se traducen en efectos biológicos únicos o, en términos biosemióticos, significados biológicos.
La significación se logra mediante proteínas efectoras que constan de un dominio de unión que reconoce una marca de histona específica y un dominio regulador que media el efecto biológico. Estos dominios pueden intercambiarse experimentalmente entre diferentes proteínas efectoras, alterando las reglas que especifican las relaciones entre signo y significado. Stefan Kühn y Jan-Hendrik Hofmeyr (2014) propusieron esta ampliación del código biológico, una en la que los signos y significados pueden ser no sólo moléculas, como las bases nitrogenadas, sino también procesos biológicos.
Si en el código de histonas los signos son las marcas producidas en las histonas por procesos de acetilación o metilación y la conformación de sitios específicos de unión, sus significados son la activación o la represión de genes particulares, que regulan, por ejemplo, el silenciamiento de determinado gen bloqueando la maquinaria de transcripción o expresión. En ambos casos estamos frente a procesos biológicos que construyen significado.